Vilniaus „Atgajos“ specialiojoje mokykloje mokosi mokiniai nuo 7 iki 21 metų, turintys intelekto ir kompleksinius sutrikimus. Mokiniai mokosi pagal pradinio ugdymo individualizuotą, pagrindinio ugdymo individualizuotą bei socialinių įgūdžių ugdymo programas. Su mokiniais dirba puikūs specialistai: gydomosios kūno kultūros mokytojai, specialieji pedagogai, logopedai. Jie siekia, kad kiekvienas mokinys patirtų sėkmę, kad būtų ugdomi ir plėtojami jo individualūs gebėjimai.
Mokiniai gauna psichologo, sveikatos priežiūros specialisto, socialinio pedagogo, logopedo pagalbą. Šie specialistai įvertina ir padeda spręsti mokinio asmenybės ir ugdymosi problemas, organizuoja neigiamų socialinių reiškinių prevencinius renginius, kartu su pedagogais ir mokinių tėveliais, bendradarbiaudami sprendžia iškilusias problemas.
Mokykla užtikrina ugdytinių popamokinį užimtumą, kurio metu mokiniai gali rinktis neformaliojo švieitmo veiklas. Neformaliojo vaikų švietimo veiklos padeda ugdyti mokinių menines, socialines, edukacines, profesines kompetencijas bei gilinti ir formuoti socialinius, gyvenimo įgūdžius.